自然由来の汚染とは、自然の岩石や堆積物中に砒素、鉛、フッ素、ほう素、水銀、カドミウム、セレン又は六価クロムおよびそれらの化合物による環境汚染のことで事業活動に起因する人為由来の汚染と区別されます。これらの物質（重金属等）は、自然界（山や海）に存在し、人の体内にも微量に存在する物質です。そのため、自然由来の汚染は、土壌汚染対策法の対象外とされていました。
しかし、健康被害防止の観点から、自然的原因により有害物質が含まれる土壌とそれ以外の汚染土壌とを区別する理由がないため、2010年4月に土壌汚染対策法が改正され、自然由来の土壌汚染も法の対象になりました。
形質変更時要届出区域のうち自然的条件からみて基準に適合しない土地は、自然由来特例区域となります。場合によっては、汚染物質の拡散防止対策が必要となります。

土壌中の重金属等の有害物質の分布は粒度ごとに異なり、特に75μm以下の粒度の土に多く含有されていることがこれまでの研究調査でわかっています。本システムでは、これらを段階的に分級することによって円滑に75μmを境に固体と流状体に分別し、オンサイトにて重金属を分離した洗浄土を埋め戻します。
　水で洗浄することによって、重金属等の有害物質はイオン化して水中に移行・浮遊しますが、このようにイオン化した有害物質はSS（懸濁物質）等と違い、凝集剤等では除去出来ない等の問題がありました。本システムでは、新開発の「高機能有害物質吸着・凝集剤」の効果により、水処理工程でイオン化した有害物質が完全に除去されるため、安全に再利用が可能です。現場終了後は、排水基準を遵守して放流処理することができます。